Ce sont principalement des micro-organismes qui vivent en symbiose avec les plantes et qui participent de façon importante à la fertilité du sol. Une agriculture durable, respectueuse de l’environnement, doit obligatoirement prendre en considération la conservation de ces micro-organismes. Leur nombre et leur diversité peuvent être modifiés par les pratiques culturales.

Le SEMSE a adapté des méthodes de la recherche scientifique à un usage pratique pour étudier et évaluer trois
grandes populations microbiennes, les champignons endomycorhiziens, les Rhizobium et les levures.

Ces micro-organismes permettent la fixation de l’azote atmosphérique et l’enrichissement du sol en azote. Ils vivent en symbiose avec des légumineuses, mais ils existent aussi à l’état saprophyte (libre).

Ces champignons vivent en symbiose avec la plupart des plantes. Leur rôle dans l’alimentation hydrique et minérale ainsi que dans la protection sanitaire des plantes est primordial.
Les populations de champignons endo-mycorhiziens peuvent donner lieu à des déterminations quantitatives et qualitatives. L’abondance est mesurée soit par des méthodes de type MPN (détermination du nombre de propagules infectieuses, à travers le statut mycorhizien d’une plante-test après dilutions du sol étudié dans du sol stérilisé), soit par le dénombrement de spores caractéristiques (Nouaïm & Chaussod, 1996). Dans la pratique, la simple observation du statut mycorhizé ou non des racines des plantes mycotrophes (pratiquement toutes les plantes cultivées, à l’exception des crucifères et des chénopodiacées) peut suffire.